Os ataques, lançados horas após um drone atingir o mesmo edifício, também atingiram áreas próximas ao palácio presidencial nas colinas com vista para a capital.
Os meios de comunicação estatais sírios relataram pelo menos 13 pessoas feridas nos ataques.
Imagens divulgadas pela Defesa Civil da Síria mostram uma densa nuvem de fumo a sair do complexo do Ministério da Defesa enquanto as equipas de emergência respondiam à situação.
Os combates intensificaram-se em Sweida, onde grupos armados drusos têm enfrentado as forças governamentais há vários dias. Nas últimas horas foi anunciado um cessar-fogo.