As deportações ocorrem uma semana depois de um ataque mortal com faca na cidade de Solingen, que causou a morte de três pessoas e feriu outras oito.
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O chanceler alemão Olaf Scholz considerou o regresso de 28 cidadãos afegãos ao Afeganistão um "sinal claro" de que os criminosos nascidos no estrangeiro não serão poupados à deportação.
Um porta-voz do governo disse na sexta-feira que os cidadãos afegãos eram todos "criminosos condenados", mas não respondeu a um pedido de comentário para esclarecer os seus crimes.
"Preparámos tudo isto com cuidado, sem falar muito sobre o assunto, porque um projeto destes só tem êxito se fizermos um esforço, se o fizermos com cuidado e de forma muito discreta", disse Scholz.
"Gostaria, portanto, de agradecer a todos os que ajudaram a tornar isto possível. E é um sinal claro de que aqueles que cometem crimes não podem contar com o facto de não os deportarmos, mas que procuraremos formas de o fazer."
É a primeira vez que a Alemanha deporta cidadãos afegãos para o seu país natal desde que os talibãs regressaram ao poder em 2021.
A Alemanha não tem relações diplomáticas com o grupo, o que obrigou o governo a trabalhar através de outros canais para organizar as deportações.
A ministra do Interior, Nancy Faeser, afirmou que as expulsões são uma questão de segurança para a Alemanha.
Estas medidas surgem uma semana depois de um ataque mortal com faca na cidade de Solingen, que causou a morte de três pessoas e feriu gravemente outras oito.
O suspeito, designado pelo Ministério Público como Issa Al H., é um cidadão sírio que tinha pedido asilo na Alemanha.
Deveria ter sido deportado para a Bulgária no ano passado, mas terá desaparecido para evitar a deportação.
Foi detido por suspeita de assassínio e de pertencer a uma organização terrorista, enquanto se aguarda uma investigação mais aprofundada e uma possível acusação.
O grupo militante Estado Islâmico reivindicou a autoria do ataque de sexta-feira passada, sem apresentar provas.
O grupo afirmou no seu sítio de notícias Amaq que o agressor tinha como alvo os cristãos e que levou a cabo os ataques "para vingar os muçulmanos na Palestina".
Em junho, o chanceler Olaf Scholz prometeu que o país iria recomeçar a deportar criminosos do Afeganistão e da Síria, depois de um ataque com faca perpetrado por um imigrante afegão ter provocado a morte de um agente da polícia e quatro feridos em Frankfurt.
Na quinta-feira, Faeser anunciou planos para endurecer as leis sobre facas, segundo a agência de notícias alemã dpa. Juntamente com outros membros da coligação governamental, Faeser prometeu também, durante uma conferência de imprensa, facilitar as deportações.