O político conservador, cuja campanha se centrou na luta contra o crime e na revitalização da economia, obteve cerca de 56% dos votos no domingo. Mas a rival, Luisa González, exigiu uma recontagem dos votos.
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Os equatorianos reelegeram o presidente Daniel Noboa, de direita, num momento em que o país continua a enfrentar elevados níveis de violência relacionada com o tráfico de droga.
Com 92% dos votos contados, o atual presidente, de 37 anos, vence a principal adversária, a advogada Luisa González, de esquerda, por 55,8% contra 44% dos votos.
A presidente do Conselho Nacional Eleitoral, Diana Atamaint, disse que os resultados mostram uma "tendência irreversível" a favor de Noboa.
No entanto, González, cujo projeto político está ligado ao ex-presidente Rafael Correa, recusou-se a aceitar o resultado das eleições de domingo.
"Vamos exigir uma recontagem", disse González aos apoiantes em Quito.
Noboa, que assumiu a presidência em novembro de 2023 após eleições antecipadas, criticou González por pôr em causa o resultado.
"Acho embaraçoso que, com uma diferença de 11 ou 12 pontos, eles venham questionar a vontade dos equatorianos", disse Noboa.
"Os equatorianos já se pronunciaram, agora temos de começar a trabalhar", acrescentou.
As eleições de domingo aconteceram depois de uma votação apertada na primeira volta, em fevereiro, que Noboa venceu por menos de 17.000 votos.
Tanto a campanha de Noboa como a de González centraram-se no combate ao recente aumento da violência no país, que está ligado ao tráfico de cocaína proveniente dos vizinhos Colômbia e Peru.
Os dois candidatos prometeram políticas duras contra o crime, melhor equipamento para as forças policiais e o recurso à ajuda internacional para combater cartéis de droga e grupos criminosos.
Noboa, que é herdeiro de uma fortuna construída com base no comércio de banana, declarou o Equador como estando em estado de "conflito armado interno", em janeiro de 2024, o que lhe permite enviar milhares de soldados para as ruas para combater os gangues e fazer acusações de terrorismo por alegadas ligações a grupos de crime organizado.
Os opositores têm-no criticado pelo que consideram ser uma série de medidas autoritárias.
Durante o primeiro mandato de Noboa, a taxa de homicídios do Equador desceu de 46,18 por 100 000 habitantes em 2023 para 38,76 por 100.000 habitantes em 2024. Mas, apesar da queda, a taxa permaneceu muito mais alta do que os 6,85 homicídios por 100.000 pessoas observados em 2019.
A derrota de González marca a terceira vez consecutiva que o partido de Rafael Correa, o presidente mais influente do país neste século, não consegue regressar à presidência.
Os observadores eleitorais da Organização dos Estados Americanos e da União Europeia acompanharam a votação, mas ainda não divulgaram qualquer relatório.