A medida foi tomada pouco depois de a instituição da Ivy League se ter recusado a aceitar uma série de exigências feitas pelo governo federal.
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O governo federal dos EUA anunciou que vai congelar mais de 2,2 mil milhões de dólares (1,9 mil milhões de euros) em subsídios e 60 milhões de dólares (52,9 milhões de euros) em contratos com a Universidade de Harvard.
O anúncio foi feito poucas horas depois de a instituição se ter recusado a cumprir uma lista de exigências feitas pela administração Trump, que, segundo o reitor da universidade, teriam posto em causa a sua liberdade académica.
Numa carta enviada a Harvard na sexta-feira, o governo federal exigiu reformas profundas na governação e na liderança da universidade.
Entre outras exigências, também procurou acabar com todos os programas de diversidade, igualdade e inclusão (DEI) em Harvard.
O governo federal declarou que quase 9 mil milhões de dólares (7,9 mil milhões de euros) em subvenções e contratos estariam em risco se Harvard não cumprisse as suas exigências.
Na segunda-feira, o presidente de Harvard, Alan Garber, afirmou que a instituição não cederia ao governo.
"A universidade não sacrificará a sua independência nem abandonará os seus direitos constitucionais", escreveu Garber numa carta dirigida à comunidade de Harvard.
"Nenhum governo - independentemente do partido que detenha o poder - deve ditar o que as universidades privadas podem ensinar, quem podem admitir e empregar, ou os campos de estudo e investigação que podem seguir", afirmou.
Desde o início do seu segundo mandato, em janeiro, o presidente dos Estados Unidos, Donald Trump, tem visado agressivamente algumas das principais universidades do país, devido ao que ele e os seus aliados consideram ser a promoção de crenças de esquerda.
A administração também argumentou que universidades como Harvard permitiram que o antissemitismo persistisse sem controlo durante os protestos no campus contra a guerra de Israel em Gaza no ano passado.
Como parte da sua repressão contra as universidades, a administração Trump normalizou a retenção de fundos federais para pressionar as principais instituições académicas a aceitarem as suas condições.
Columbia, uma das universidades visadas pelo governo, ficou com 400 milhões de dólares (352,4 milhões de dólares) em financiamento congelados. No mês passado, concordou com vários dos termos exigidos pela administração Trump.
O antigo presidente dos EUA, Barack Obama, exortou as universidades a seguirem o exemplo de Harvard na luta contra os ataques do governo federal.
"Harvard deu o exemplo a outras instituições de ensino superior - rejeitando uma tentativa ilegal e desastrada de sufocar a liberdade académica, ao mesmo tempo que toma medidas concretas para garantir que todos os estudantes de Harvard possam beneficiar de um ambiente de investigação intelectual, debate rigoroso e respeito mútuo", escreveu nas redes sociais.
"Esperemos que outras instituições sigam o exemplo", acrescentou.